キャプテンはJ2昇格以降3年連続でMF上里一将に決定。「今年もキャプテンを務める事になりました。今季は降格が4チームと厳しいシーズンが予想されます。ただ下を見るのではなく、チームの目標であるJ1昇格を目指し、FC琉球に関わる全ての方々と共にJ1へ行きたいと思います。一丸となって戦って行きましょう。宜しくお願いします」と意気込みを述べている。
また副キャプテンはDF岡崎亮平、MF市丸瑞希に決まった。岡崎は「しっかりとキャプテンを支え、いいチームにできるように頑張ります」とコメント。昨夏加入で今季から完全移籍となった市丸は「副キャプテンに選ばれました。正直びっくりしていますが、選ばれたからには全力でチームを引っ張っていけるように頑張ります。チームの目標であるJ1昇格を選手、監督、スタッフ、そしてファン、サポーターの皆さんで勝ち取りましょう!サポーターの皆さん、よろしくお願いします!」と伝えている。