未解決ままです。 結局さくらVPSにdebianを再インストールしました。
一応ログを取っていたのでupしておきます。 興味のある人以外本当に読まなくて良いやつです。
参考資料
さくらのVPSへsshで接続できない PermissionDeny(publickey) - 株式会社オルタナティブエンタープライズ|ALTERNATIVE ENTERPRISE
SSH で Permission Denied となる傾向と対策
SSHから接続ができない
tarminalでSSHから接続ができないエラーが
Permission Deny(publickey)
と、出てしまう。

こんな感じ。
VNCコンソールを使えるようにする
Connected(encrypted)と表示されるも黒い画面にならず

試しに画面左上のEscボタンを押してみる
すると、こんな画面になる。

画面を広げると下にコマンドが入力出来るスペースが見つかる。

これでようやくVNCコンソールで入力ができる。
sshdの設定を変更する
$ sudo vi /etc/ssh/sshd_config
設定ファイルがviで開くので設定を変更していきます。
公開鍵認証をオフにする
# PubkeyAuthentication yes↓
PubkeyAuthentication noパスワード入力をオン
PasswordAuthentication no↓
PasswordAuthentication yes
こう変更しました。
再起動して設定変更を効かせます。
sshdを再起動
$ sudo /etc/init.d/sshd restart

さくらVPSのシリアルコンソール(β版)だとここでコマンドが見つからないというエラーが出てしまいます。

しかし、先ほど設定したVNCコンソール版だとエラーも吐かず普通に使えてるっぽいです。

こんな感じ。
tarminalからSSHでログインしてみるとパスワードを求められます。
パスワードを入力すると、入れました。

認証鍵ペアの削除
サーバーのauthorized_keysを消す。

PC側のclient_rsaとclient_rsa.pubを消す。

新しいキーペアを作る


出来ました。
scp ~/.ssh/作った鍵の名前これをサーバーに送る サーバーのuser名@サーバーのアドレス:~/.ssh/作った鍵の名前(←名前を変えたかったらここを変更する)
port 22: Connection refused というエラーが出てしまう。

portを22に変更しても、駄目
公開鍵認証をオンに戻し
PubkeyAuthentication no↓
# PubkeyAuthentication yes
パスワード入力をオフに戻してみるも
PasswordAuthentication yes↓
PasswordAuthentication no
駄目
id_rsa.pubの中の文字列をコピーして

vi authorized_keyで新しいファイルを作りつつコピーした文字列をペースト
:wqで保存して終了

chmod 600 authorized_keyで自分しか見れない&編集出来ない状態に変更しました。
sshでtarminalからログインを試みるとパスワードを求められ入力するとログインできてしまうポート番号も変更し直してないのに
おかしいのでtarminalからsshd_configを弄ろうとする
sudo viで設定ファイルを開くためパスワードを求められる
入力しようとするとエラーが出てきてしまう。
debug1:
debug3:
debug1:
debug3:
VNCコンソールでログインする際に
-vvvv -Pでログインの際の詳細をみると
やっぱりエラーをめっちゃ吐いてる’
VNCコンソールでconfigを開いてみると
なんか違う。



特に下の方
こんなん弄ったっけ
ここでdebian再インストールしました。