お返事( ・∀・)っ

たかなさん　　→ コメント
paddingの数値が大きいほどIE6とFirefoxでのズレが大きくなりますね…(´・ω・｀)
たかなさんとこ、IE6とFirefoxで見比べてみました。
サイドバーとcalendarモジュールは確認取れましたが、本文のフォントサイズについてはh2・h3が若干小さい以外は ほとんど同じに見えるんですが。。。
ブラウザのフォントサイズは いくつになってますか？
[ツール] → [オプション] → 【コンテンツ】 → 『フォントと配色』でサイズを15か16に変更してみて下さい。
これでIEと同じくらいの大きさになれば、ブラウザの仕様が原因です。
そして、サイドバーとcalendarモジュールですが、スタイルシートを以下のように修正＆追記してみて下さい。

■修正■

div.sidebar.hatena-moduletitle {
　（中略）
}


div.main.calendar {
　（中略）
}

　　　　　　↓　　半角スペースを追加

div.sidebar .hatena-moduletitle {
　（中略）
}


div.main .calendar {
　（中略）
}

■追記■　サイドバーのフォントサイズとcalendar2モジュールの幅の指定を追加

div.sidebar {
 font-size:80%;
}

table.calendar {
 width:100%;
}

これで幾らか差は なくなるかと思います(・∀・)
FirefoxってCSSの誤字に めっちゃシビアなんですよね(；´Д｀)
IEでは少々間違ってても いらん融通を利かせて正しく表示してくれます。
a:hoverがa::hoverとなってて、IEではマウス重ねたら ちゃんと変化するのにFirefoxでは全く変化なしだった経験があります(-∀-；)