Zedのデフォルト有効のこの動作、ほとんどの場合は余計なスペースを削ってくれるポジティブな機能だと思うんだけど、「改行したい場合は行末にスペース2つ」という書式のMarkdownファイルとの相性が最悪なので、無効にする設定を追加した。

やり方はGUI/settings.jsonのどちらかで2パターン

GUIで設定

Editorセクションの「Remove Trailing Whitespaces On Save」のチェックを外す。
removeやtrailで検索するとすぐに見つかる。

settings.jsonで設定

以下の設定を追加する。

  "remove_trailing_whitespace_on_save": false,

これで保存のタイミングで行末のスペースが消えなくなる。

まぁ、個人的にはMarkdownのスペース2つで改行という書式があまりイケてないとは思うんだけどね。
ちなみに空行は出力も空行なんで、別物という認識(<div>と<p>みたいなイメージ)