生体に含まれるタンパク質で、生物が営むほとんど全ての反応(代謝)に係わり、その反応を円滑に進めて生命の維持に重要な役割をもっている。酵素自体は反応の前後で変化しないから生体触媒ともいわれる。生体内では細胞質膜や細胞質内に多く、血液などの体液にも含まれている。微生物ではその細胞の外へも産生される場合もある。また、本来存在すべき酵素が遺伝的にないため、種々の障害が現れる酵素欠損症もある。
生体内のほとんどの代謝過程に作用し、とくに発酵、呼吸、光合成をなどのエネルギー代謝をはじめ、核酸、タンパク質、多糖、脂質やその他の種々の物質の生合成、分解反応あるいは物質の膜輸送などに働くきわめて多種類の酵素が知られている。単一のタンパク質の場合もあるが、糖質や脂質と結合した複合体や金属原子(亜鉛、鉄、マンガンなど)を含む酵素もある。