補酵素（ほこうそ、英: coenzyme）とは、酵素反応の化学基の授受に機能する低分子量の有機化合物である。コエンザイム、コエンチーム、助酵素などとも呼ばれる。

一般に補酵素は酵素のタンパク質部分と強い結合を行わず可逆的に解離して遊離型になる（反対に不可逆的な解離を行うものは補欠分子族と呼ばれる）。補酵素の多くはビタミンとして良く知られており、生物の生育に関する必須成分（栄養素）として良く知られている。

補酵素と酵素の結合

補酵素とアポ酵素（補酵素を欠く酵素のタンパク質部分）はそれぞれ単独では化学反応触媒として機能せず、両者が混在する条件と基質分子が存在することにより、初めて酵素として機能する。補酵素とアポ酵素が結合した機能性酵素のことを「ホロ酵素」という。なお全ての酵素が補酵素を要求するわけではない。

アポ酵素 + 補酵素 ${\displaystyle {\overrightarrow {\leftarrow }}}$

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