ChemSpider は、王立化学会 が持つフリーの化学データベース である。
このデータベースには、2600万以上の分子 が以下を含む400以上のデータ源から収録されている。
A-L: EPA DSSTox, FDA , Human Metabolome Database, Journal of Heterocyclic Chemistry, KEGG , KUMGM, LeadScope, LipidMAPS
M-N: Marinlit, MDPI, MICAD, MLSMR, MMDB, MOLI, MTDP, Nanogen, Nature Chemical Biology , NCGC, NIAID , NIH , NINDS Approved Drug Screening Program, NIST , NIST Chemistry WebBook, NMMLSC, NMRShiftDB
P-S: PANACHE, PCMD, PDSP, Peptides, Prous Science Drugs of the Future, QSAR, R&D Chemicals, San Diego Center for Chemical Genomics, SGCOxCompounds, SGCStoCompounds, SMID, Specs, Structural Genomics Consortium, SureChem, Synthon-Lab
T-Z: Thomson Pharma, Total TOSLab Building-Blocks, UM-BBD, UPCMLD, UsefulChem, Web of Science , xPharm, ZINC
ChemSpiderのデータベースには、ユーザーが化学構造、スペクトル、情報整理等を提供でき、クラウドソーシング 的アプローチでオンラインの化学データベースを発展させる。さらにそれらデータを整理して、テキストマイニング により生医学及び化学の文献から集めた化学構造と結びつけ、化合物の名称辞書を編み上げた[ 1]
いくつかの検索機能が提供されている。
standard search では、クエリ として系統名、商品名、別名、登録番号を用いることができる。advanced search では、分子式 、分子量 、CAS番号 、納入業者等の情報を用いて、化学構造、基礎構造による相互検索ができる。携帯機器による'structure searchでは、iPhone 、iPod 、iPad やAndroid の無料アプリを用いる。
ChemSpiderのデータベースには、マークアップ言語 の基礎とテキストマイニングを組み合わせて用いる。ChemMantis[ 2] Chemistry Markup And Nomenclature Transformation Integrated System ）が用いるアルゴリズムでは、文書やウェブページから化合物名を同定、抽出し、化合物名を化学構造に変換する。その結果、ChemSpiderは統合システムとなり、150以上のデータ源から文献や情報を束ねる。
このシステムは2007年3月に立ち上げ、2008年3月にβ版をリリースした。ChemSpiderはChemZoo Inc.という私企業によって運営されていたが、2009年5月に王立化学会に買収された[ 3] ウィキペディア の化学構造収集の支援を行う等、化学データベースの包括的な支援を拡張した。
多くのサービスをオンラインで利用できる。例えば、化合物名の化学構造への変換、SMILES やInChI の生成、多くの物理化学パラメータの予測等である。
^ Kristina M Hettne; Antony J Williams; Erik M van Mulligen; Jos Kleinjans; Valery Tkachenko; Jan A Kors. “Automatic vs. manual curation of a multi-source chemical dictionary: the impact on text mining” (英語). Journal of Cheminformatics 2 (1, 3). doi :10.1186/1758-2946-2-3 . ^ Williams, A (2008年10月23日). “[blog post] Welcome ChemMantis to ChemZoo and a Call for Contributions from the Community ”. 2009年5月11日閲覧。 ^ “RSC acquires ChemSpider” (英語). www.rsc.org (Royal Society of Chemistry). (2009年5月11日). http://www.rsc.org/AboutUs/News/PressReleases/2009/ChemSpider.asp 2009年5月11日閲覧。 ⚠
Chemical & Engineering News 85 (24). (June 11, 2007). Antony John Williams (Jan-Feb 2008). “ChemSpider and Its Expanding Web: Building a Structure-Centric Community for Chemists” . Chemistry International 30 (1). http://www.iupac.org/publications/ci/2008/3001/ic_chemspider.html . Antony John Williams (Apr - May 2008). “Public Chemical Compound Databases”. Current Opinion in Drug Discovery & Development 11 (3). Sean Ekins, Manisha Iyer, Matthew D. Krasowski and Evan D. Kharasch (2008). “Molecular Characterization of CYP2B6 Substrates” . Current Drug Metabolism 9 (5): 363–73. PMC 2426921 .
PMID 18537573 . https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2426921/ . Geoff Brumfiel (2008-05-07). “Chemists Spin a Web of Data”. Nature 453 (7192): 139. Bibcode : 2008Natur.453..139B . doi :10.1038/453139a .
PMID 18464701 . E. Curry, A. Freitas, and S. O’Riáin, “The Role of Community-Driven Data Curation for Enterprises,” in Linking Enterprise Data, D. Wood, Ed. Boston, MA: Springer US, 2010, pp. 25–47.
