MathJaxで数式に色を付ける場合は\textcolorコマンドを使えばよい． color.jsをインポートすることで使うことができるようになる．
(2019年9月13日 追記：Mathjax 3.0 の場合，extension が自動で読み込まれるようになりましたので，\textcolorはすぐに使えます．本記事ではMathjax 2 の場合の説明をしています．）
エクステンションのインポートの仕方は別の記事で紹介したことがあるのでそちらを参照していただきたい．
上の記事ではcancel.jsをインポートする場合で説明しているので cancelと書かれている箇所をcolorに置き換えて設定すればよい．
後は普通のLaTeXと同様に\textcolorが使える．
色はカラーコードでも指定できる．
例
入力
\textcolor{red}{abcde}=\textcolor{#0ff}{fgh}
\textcolor{red}{\cancel{\textcolor{black}{xyz}}}
出力
$\textcolor{red}{abcde}=\textcolor{#0ff}{fgh}$
$\textcolor{red}{\cancel{\textcolor{black}{xyz}}}$
$\textcolor{red}{\cancel{\textcolor{black}{xyz}}}$
