はじめに
ProBuilderでVertex Colors Editorという機能を用いて頂点に色をつけようとするにはマテリアルにProBuilder用のシェーダーを設定する必要があるはずです。(別のマテリアルを適応して色を変える場合は除く)
ただURPだとそれが適応できないので困っていたのですが、解決法を見つけたので紹介をしたいと思います。
解決方法
Package ManagerのProBuilderの項目の下の方に、Samples -> Universal Render Piplineという項目があるはずです。

これをインポートすることでマテリアルとシェーダーが一つずつインストールされます。

このマテリアルを適応してあげることで、URPでもProbuilderの機能を使うことができました。
さいごに
灯台下暗しといいますか、Package Managerにそのような箇所があったなんてびっくりしてしましました。
これを使えばProBuilderも気兼ねなく使うことができるはずです。
是非うまく活用してみてください。
ではまた。