TL;DR

Orikaの依存をjmhImplementationではなくimplementationで定義した所解決しました。
Orikaに限らず、ライブラリによってはjmhImplementationだと上手く動かないようです。

問題

jmh-gradle-pluginでOrika 1.5.4を利用したベンチマークを作成していた所、gradle jmhでのベンチマーク実行時にjava.lang.NoClassDefFoundError: ma/glasnost/orika/impl/DefaultMapperFactory$Builderエラーで落ちる問題が発生しました。
スタックトレース全体は以下の通りです。

java.lang.NoClassDefFoundError: ma/glasnost/orika/impl/DefaultMapperFactory$Builder
        at com.mapk.kmapper.FiveArgsBenchmark.<init>(FiveArgsBenchmark.kt:24)
        at com.mapk.kmapper.jmh_generated.FiveArgsBenchmark_jmhType_B1.<init>(FiveArgsBenchmark_jmhType_B1.java:3)
        at com.mapk.kmapper.jmh_generated.FiveArgsBenchmark_jmhType_B2.<init>(FiveArgsBenchmark_jmhType_B2.java:3)
        at com.mapk.kmapper.jmh_generated.FiveArgsBenchmark_jmhType_B3.<init>(FiveArgsBenchmark_jmhType_B3.java:2)
        at com.mapk.kmapper.jmh_generated.FiveArgsBenchmark_jmhType.<init>(FiveArgsBenchmark_jmhType.java:2)
        at com.mapk.kmapper.jmh_generated.FiveArgsBenchmark_boundKMapper_jmhTest._jmh_tryInit_f_fiveargsbenchmark0_G(FiveArgsBenchmark_boundKMapper_jmhTest.java:497)
        at com.mapk.kmapper.jmh_generated.FiveArgsBenchmark_boundKMapper_jmhTest.boundKMapper_Throughput(FiveArgsBenchmark_boundKMapper_jmhTest.java:71)
        at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
        at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
        at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
        at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
        at org.openjdk.jmh.runner.BenchmarkHandler$BenchmarkTask.call(BenchmarkHandler.java:453)
        at org.openjdk.jmh.runner.BenchmarkHandler$BenchmarkTask.call(BenchmarkHandler.java:437)
        at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:266)
        at java.util.concurrent.Executors$RunnableAdapter.call(Executors.java:511)
        at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:266)
        at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149)
        at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624)
        at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: ma.glasnost.orika.impl.DefaultMapperFactory$Builder
        at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:382)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:418)
        at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:355)
        at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:351)
        ... 19 more

mainメソッドを定義して実行した場合にはこの問題は発生せず、gradle jmhでのベンチマーク実行時にのみ発生しました。

対処

元々はjmhImplementationで依存を定義していましたが、これをimplementationに修正した所問題が解決しました。
本題とは外れますが、slf4j-simpleを導入しているのは、別の警告の抑制のためです。

dependencies {
-    jmhImplementation("ma.glasnost.orika:orika-core:1.5.4")
+    implementation("ma.glasnost.orika:orika-core:1.5.4")

    implementation("org.slf4j:slf4j-simple:1.7.25")