なるほど。 Obsidianは全角空白をインデントとして扱っていますね。 これ、たぶんHTML自体の仕様のように思います。
代用空白
裏技になりますけど「代用空白」を使うのも手かもしれません。
 ←代用空白
 がHTMLで使える「全角空白」です。
これをObsidianに貼り付けてリーディングビューにすると：
上図のように「空白」が表示されます。 これをCopyしてユーザ辞書に登録します。
単語に「 」、よみに「sp」を入れて保存してください。
「sp」で代用空白を入力すると、本来の字下げが行えるようになります。 漢字変換の一種なので日本語入力で「sp」と打鍵してください。
まとめ
半角空白の代用は 。
これらは「ノーブレイクスペース」と呼ばれます。
通常のスペースがHTMLで特殊な意味を持たされているので「ただの空白」は別コードになっているわけです。 Obsidianで半角空白をいくら並べても1個しか表示しなかったりします。 これ、HTMLやMarkdownの仕様なのです。
追記
cssでの解決案が出てましたね。
