オブジェクトを透明にするにはMaterialのAlbedoカラーのアルファ値を変更すれば良い。
例えば半分の透明度にするには次の通り。
Renderer renderer;
Color color = renderer.material.color;
color.a = 0.5f;
renderer.material.color = color;
MaterialのRendering ModeがOpaqueになっていると透明にはならないので、FadeかTransparentに変更する。
Fadeの場合はアルファを0にすれば完全に見えなくなる。
Transparentだと透き通ったオブジェクトとなってアルファが0でも完全に消えるわけではない。
Albedo カラーと Transparency（透明度） - Unity マニュアル
