ScanSnap Homeのメニューバーにあるアイコンが設定から消せるようになりましたね

ScanSnap Homeのv1.3.0から可能になりました

設定

「ScanSpan Home」→「環境設定」→「一般」から、
「メニューバーにScanSnap Homeを表示します」のチェックを外せばOKです

設定を追加してくださりありがとうございました！