呼び出し元のクラスが削除, またはActiveがfalseになった場合, コルーチン処理は途中で中断されます。
[Unity]コルーチンは呼び出し元が無効になるとストップしてしまう | ma_comu雑記帳
ただし、呼び出し元が消えるのと同じフレーム内の処理はおそらく呼ばれるかと思います。(体感) 念のため, 消える可能性があるクラスからは呼ばずに別の常駐するクラスにコルーチン呼び出しメソッドを作って、それを呼ぶことで中断が回避されるかと思います。(当然ですが、削除されるクラス内に実装されたコルーチンも中断するはずです)
