ひっかかりそうなポイントが大きく2点ありました．
なお，以下の設定・手順を想定しています．
git config --global gpg.format ssh
git config --global user.signingkey ~/.ssh/id_ecdsa
git config --global commit.gpgsign true
git add .
git commit -m "some comments"
git push
1. 公開鍵を「署名鍵として」アップロードしていない
すでに認証のためにSSH公開鍵をアップロードしていても，別途Signing Keyとして同じ公開鍵の再アップロードが必要です．
2. GitHubアカウントのメールアドレスと，手元のgit環境のメールアドレスが異なる
GitHubアカウントのプライマリメールアドレスと，git configコマンド(~/.gitconfig or .git/config)で設定するメールアドレスが一致している必要があります．
GitHubのアカウントページでメールアドレスを変更するか，以下のように手元のgit環境のconfigを再設定&再commit/pushします．
git config --global user.email user@example.com
git commit --amend
git push -f
