顕微鏡画像における細胞のセグメンテーションはとても汎用的な作業で、アーキテクチャとしてはU-Netが有名だ。Cellposeは細胞セグメンテーションのソフトとして発表された。多種多様な細胞の画像に対応し、ラベルのアノテーションが少数で済むように工夫されているようだ。さ ...
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解析の手法についての雑感
＊この記事は筆者の主観的な見解を含んでいます。生物学の解析（パソコンを使った研究）と言ってもたくさんの種類がある。以前勉強会で以下のようなスライドを作ったことがある。つい最近までは①シミュレーションと②統計解析の2つだった。シミュレーションでは、条件をかっ ...
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Web上でマルチオミックスの統合解析を行う「OmicsX」
最近のバイオインフォマティクス解析だとWeb上にデータをアップロードすると解析をしてくれるツールが色々とあるようだが、ジョンズ・ホプキンズ大学のOmicsXというツールを見つけた。ホームページ：http://bioinfo.wilmer.jhu.edu/OmicsX/論文：https://www.biorxiv.org/con ...
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Pythonによる顕微鏡画像解析ソフト
オープンソースの画像解析ソフトというとImageJ(Fiji)のイメージがあるが、Pythonによって作られた顕微鏡画像解析ソフトのPYMEを見つけた。PYMEのサイト：https://python-microscopy.org/参考記事：http://soellerlab.ex.ac.uk/pages/software.html特にPALM/STORMなどの超解 ...
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PHATEによる次元削減
single cell RNA-seqなどの可視化に用いられる手法というとt-SNEやUMAPがよく使われるが、PHATEという方法も発表されたようだ。論文：https://www.nature.com/articles/s41587-019-0336-3日本語解説：https://qiita.com/khigashi02/items/b4b95714cae9e3f2a7be次元削減の手法 ...
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OMEROデータベース
OMEROは顕微鏡画像の統合データベースプラットフォームだ。開発チームはFijiにも入っているBio-Formatsも作成している。（Bio-Formatsは様々な形式の画像ファイルを開くことが出来る便利なプラグインだ。）Webから誰でもアクセスできるOMERO IDRもある。https://idr.openmicr ...
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