Windows11にDeepLabCut3.0をインストール 2024年08月08日 DeepLabCutの開発が進んで、より便利になっているようだ。GUI機能が充実し、最新版ではbackendがpytorchになっていた。最新版をWindows11（GPU付きPC）に入れたので、メモする。公式のインストール解説：https://deeplabcut.github.io/DeepLabCut/docs/installation.htmlイン ... もっと読む
NetPyNE 2024年02月07日 最近は神経シミュレータの標準化が進み、使いやすさや効率性の面での開発が進んでいるようだ。Neruonをベースにしているが、チャネルからネットワークレベルまでの設定が可能で、高レベルでの実装や並列化、GUIによる操作やWebアプリも公開されている。結果の可視化なども含 ... もっと読む
DeepWonderによる神経細胞検出 2024年02月06日 二光子カルシウムイメージングデータにおける神経細胞の自動検出にはCNMFが用いられているが、深層学習を使用したものも存在している。 去年の四月のNature MethodsにDeepWonderというソフトも発表された。論文：Zhang Y, Zhang G, Han X, Wu J, Li Z, Li X, Xiao G, Xie H, ... もっと読む
DeepLabCut2.0のインストール（Ubuntu16、CUDA10） 2023年11月12日 DeepLabCutを久々にインストールしようとしたら、昔使っていたVersion1はもうPyPIから削除されていた。最新版を入れて使えればいいが、CUDAなどを最新版にしたくない。どうにかしてVersion2を使えるようにしたい。環境はUbuntu16, CUDA10, Anaconda, Pyhon 3.6である。インス ... もっと読む
最適輸送 2023年11月04日 最適輸送は点群を移動させる輸送コストを考えるが、確率分布間の距離を表すことも出来る。距離ではないKLダイバージェンスとは少し異なるものである。計算には線形計画法を使用して最適輸送を求めることが出来る。実装としてはPythonライブラリのPOTが有名。Webサイト：https ... もっと読む
CEBRA 2023年09月05日 CEBRAは深層学習を用いた神経活動データ解析手法で、自己教師あり学習で特徴量を抽出する。アーキテクチャ自体は1DCNNで少し時系列処理をすることも出来るが、対象学習時の正例・負例のサンプリングにおいて時系列を組み込むことが出来る(discovery-driven)。また行動などの ... もっと読む
Dendrify 2023年09月04日 現在のSNNは点ニューロンによるネットワークであり、樹状突起など細胞の空間的な形態は考慮されていなかった。しかし、複数の樹状突起からの入力が演算の役割をしているという可能性はある。この実装は神経シミュレーションでいうマルチコンパートメントモデルであるが、計算 ... もっと読む
