imagemagickでマスク処理し色抽出

mask.pngという名前で白黒二階調の画像を用意
それでマスクするケース

$ convert goal.jpg mask.png -alpha off -compose darken -composite -trim foobar.jpg

更に閾値で色数減らして

$ convert foobar.jpg -separate -threshold 50% -combine -format %c histogram:info:
       885: (  0,  0,  0) #000000 black
        13: (  0,  0,255) #0000FF blue
        10: (  0,255,  0) #00FF00 lime
        11: (  0,255,255) #00FFFF cyan
       104: (255,255,255) #FFFFFF white