awkの出力はprint/printfコマンド毎に指定できます。
他の言語だと死ぬほど面倒な処理も、awkだとさすがのスマートさです。
実際のところ
$ echo 1,2,3 | awk -F "," '{printf "%04d", $1 > "file0001.txt"; printf "%04d", $2 > "file0002.txt" }'
中身をみると……
$ head file000* ==> file0001.txt <== 0001 ==> file0002.txt <== 0002
