python-environment.elというelispが、jediなどをemacsで使おうとした時に使われます (正確に言うと、emacs上でepc(emacs用のrpc) serverをつかったjediのinterfaceをインストールした際に使われる) 。
このpython-environment.elですが、python2.x系のことも考慮してだと思うのですが、defaultでは環境の隔離にvirtualenvを使います。python3.xのみの環境であれば標準でvenvが使えるのでそちらを使うように設定を変えます。
(require 'python-environment) (custom-set-variables '(python-environment-virtualenv (list "python" "-m" "venv" "--system-site-packages")))
ちなみに、--system-site-packages は付けなくても上手く動作するとは思います（隔離された環境内でデフォルト環境でインストールされたパッケージをそのまま使いたいかどうかという話です）。
