Deploying TWO websites to Windows Azure from one Git Repository - Scott Hanselman
WebApps の Application settings の app settings に Project = Webアプリ.*proj を指定するだけでOK。
WebJobs だけを載せる場合も同様に、コンソールアプリ.*proj でOK。
ちなみに、WebApps と WebJobs を一緒に載せる場合は、
WebJobs を含むソリューションを Azure Web Apps へソース管理からデプロイする方法 - しばやん雑記
で紹介されている カスタムデプロイスクリプト でもいいですし、
Webアプリの .*proj ファイルの AfterBuild で コンソールアプリをビルドして、WebApps の App_Data 以下に配置する方法でもいけました。
