以前 Azure Active Directory Free/Basic でも MFA が使えます (サポート確認済み) - お だ のスペース で分かりにくいーとぼやいていましたが、ドキュメントが修正されました！
料金 - Active Directory | Microsoft Azure
エディション別比較表の MFA の箇所が修正されています。
引用
Multi-Factor Authentication は、Multi-Factor Authentication プロバイダーを 'ユーザーごと' または '認証ごと' の課金/使用量モデルで作成した場合に、Azure AD Free と Azure AD Basic で利用できます。
これでパッと見ただけでも MFA が使えるんだなと分かるんじゃないかな？
