しくじってました……。
ふたつのGPXファイルが持っているウェイポイントの情報を抜き出し、統合してそれぞれのGPXファイルに書き戻すツールを上げていました。
ふたつのファイルがそれぞれウェイポイントをひとつでも持っていれば問題なかったのですが、片一方のファイルがまったくウェイポイントを持たないふたつのファイルを使った場合、ウェイポイントを持たないGPXファイルのほうにはもうひとつのファイルで持っているウェイポイントが書き出されない、というバグがありました。
なおしました。同じ場所に上げなおしています。
作りがしょぼくて本当すみません。
※あといつのまにかは知りませんが、ルートラボで出力できるGPXファイルがUTF-8N化されており、もしかしたら使えるかもしれません。気が向いたら僕もやってみます。