ストーリー

　ロボットの平和利用によって日本国民に幸せをもたらそうという「ARKプロジェクト」が進行していた。しかし、その過程で、ロボットに“心”＝「良心回路」を持たせようとした主任研究員の光明寺博士（長嶋一茂）と、それを否定する立場のギルバート・神崎（鶴見辰吾）が激しく対立する。

　そんなとき、光明寺博士が非業の事故死を遂げた。彼が息子・マサルの体に残した研究データを狙って、謎の特殊部隊が動き出す。狙われるマサルと、その姉・ミツコ（佐津川愛美）を守ったのは、光明寺が造ったアンドロイド・ジロー（入江甚儀）。やがてミツコとジローは人間とアンドロイドの壁を越え、静かに“心”を通わせていくが、ジロー＝キカイダーを破壊しようとする暗黒の戦士・ハカイダーが現れて――！