Xcode を複数インストールしているとターミナルから色々と処理する時に苦労しますが以下の様なコマンドで切り替えが可能な様です。
sudo /usr/bin/xcodeselect -switch <xcode開発者フォルダーパス>
こちらの Director の解説ページで知りました。
Director 12 を使用して iOS デバイスにパブリッシュする
http://helpx.adobe.com/content/help/jp/director/using/publishing-ios-devices-using-director.html
