Unity 3.4ではSceneパネルでcolliderのサイズ変更が可能に

Unityではcolliderのサイズ設定がInspectorだけなく、Sceneパネルでも可能になりました。

シーンパネルでGame Objectを選択した状態でShiftキーを押すとこの様に小さな四角が表示されます。
※見えづらいですが赤い四角で囲んだ所に表示されています。

この状態でも操作は可能なのですが流石に使いづらいと思うのでQキーを押してハンドアイコンをONにした状態で調整するのをお勧めします。