後から追加したファイルが絶対パスになる時の対処法

まず試したのはoption(alt)キーを押しながらFinderからXocde直接ドラッグする方法。
こちらちも途中までは上手く行ったのですが幾つかファイルを追加した後にドラッグを受け付けなくバグ？が発生しました。

最終的には一度プロジェクトとはまったく別の位置のフォルダへ移動した後にコピーで追加する方法で成功しました。
こういうウィンドウの「ディスティネーショングループのフォルダに項目をコピーする（必要な場合）」にチェックを入れてファイルを追加すれば相対パスとして取り込まれました。