Keyball61の初期値のマッピングの中に、設定したマッピングデータを全消しするボタンが2つも配置されているので注意…
なんでそんなものがHomeボタンの横に配置されているのか謎、知らずに押し間違えて消えました。
場所は、レイヤー3の中央あたりにある「Clear Eeprom」です。

2つも割り当てて使うシーンがよくわからないのですが…慣れるまでは消しておこうと思います。
参考
書き込んだキーマップが飛んでしまう · Yowkees keyball · Discussion #535 · GitHub
EE_CLR はKeyballの設定を保存しているEEPROMを消去しリセットするキーコードです。