Git ソース版からノンファットな i386 で。
ソースが古いので support/shobj-conf を編集する。MacPorts にパッチがある のでそれを見ながら書き換えるのもあり。-arch_only の部分はそのまま -arch i386 とかに書き換えてもいいかも。
sed -i '' ' s#darwin1\[012\]#darwin1\[0-9\]# s#MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET=10.3 ## s#-arch_only `/usr/bin/arch`## ' support/shobj-conf
コンパイラに i686-apple-darwin10-gcc-4.2.1 を使う場合は特に気にしなくていいけど gcc-4.2(gcc)とかを使う場合はデフォルトが x86_64 なので -arch i386 が必要。CFLAGS だけでなく LDFLAGS にも -arch i386 を追加しておかないと x86_64 にリンクしようとするかもしれない。
ld のオプションに -v がついているのでうまくリンク出来ない場合はどのようなコマンドが送られているか見てみるといいかも。