Blenderにも素晴らしいコンポジットノードがありますが、私の場合コンポジットはAfterEffectsで行うのでなるべく要素を分けてレンダリングしています。

color、difuse、shadowなどはレンダーパスで分解できるのでレイヤーを分ける必要ありませんがFreestyleはパスがありません。
残念ながらレンダーパスにFreestyleはありません...
なので、Freestyleだけのレンダーレイヤーを追加します。レイヤー内表示するものは「Freestyle」のみ、またパスはすべて合わせた「combined」のみとします。

これで無事、Freestyleのみを出力できるようになります。