ffmpeg を使う。
連結する動画のファイル名から、以下のようなテキストファイルを作る。パスはフルパスを指定。
input.txt
file '/home/***/Documents/Ruby/video/sample1.mp4' file '/home/***/Documents/Ruby/video/sample2.mp4' file '/home/***/Documents/Ruby/video/sample3.mp4' file '/home/***/Documents/Ruby/video/sample4.mp4' file '/home/***/Documents/Ruby/video/sample5.mp4'
で、以下を実行。
$ ffmpeg -f concat -safe 0 -i input.txt -c copy output.mp4
「-safe 0」は
[concat @ 0x378c5e0] Unsafe file name '/home/***/Documents/Ruby/video/sample1.mp4' input.txt: Operation not permitted
というエラーが出るため（フルパスを指定しなかった場合は必要ない）。
※参考
動画ファイルの連結｜Linux活用メモ
【ffmpeg】動画・音声を連結する concat の使い方 其の3 - ニコニコ動画研究所
