僕は、WindowsでもMinGW/MSYSのbashを主に使っています。でも、cmd.exeもけっこう使います。
bashだと、/etc/profile、~/.bash_profile、~/.bashrc とか、スタートアップ・ファイルが幾つもあります（あり過ぎだよな）。昔は、cmd.exe（つうよりcommand.comか）にも、autoexec.batというスタートアップ・ファイルがありました。今は、cmd.exeに、これといったスタートアップ・ファイルはないようです。
cmd.exeの場合は、cmd /k mystartup.cmd とすると、最初にmystartup.cmdを実行してから対話モードに入ります。これは便利ですね。
bashでも、前もって決められたスタートアップ・ファイルじゃなくて、勝手なスクリプトファイルをスタートアップ・ファイルに指定できないでしょうか？ bash --init-file mystartup.sh ってのがありました。/etc/profileや~/.bashrcを無視して、独自なスタートアップ手順を書きたいときに使えそうです。
Windowsのシェルと言えば、PowerShellもありますぜ、旦那。PowerShellの場合は、powershell -NoExit mystartup.ps1 とすると、mystartup.ps1を実行した後でPowerShellの対話モードに入ります。
