フォルダを準備

mkdir a1 a2 b1 b2 c1
touch a1/1.txt a2/2.txt b1/1.txt b2/2.txt c1/1.txt
tree

.
├── a1
│     └── 1.txt
├── a2
│     └── 2.txt
├── b1
│     └── 1.txt
├── b2
│     └── 2.txt
└── c1
       └── 1.txt

python の処理

import shutil

shutil.move("a1", "a2/")
shutil.move("b1", "b2")
shutil.move("c1", "c2")

a は a1 を a2 の中に入れたい
b は b1 を b2 へマージしたい
c は c1 を c2 へリネームしたい

結果は

.
├── a2
│     ├── 2.txt
│     └── a1
│            └── 1.txt
├── b2
│     ├── 2.txt
│     └── b1
│            └── 1.txt
└── c2
       └── 1.txt

最後の / とか関係なくて移動先にフォルダがあれば中に入るみたい
Windows の move や Linux の mv コマンドと同じ

エクスプローラでフォルダを D&D するみたいにマージするには中身全部を移動してから元フォルダを消す必要あり