highlight.js の処理はコードをパースして トークンごとにクラスをつけるだけ

テーマは別に css ファイルを読み込む
1 テーマ 1 ファイル
css 側でトークンにつけられた keyword, funciton, string などのクラスに対して斜体や太文字や色を指定してる

なので テーマ切り替えはライブラリの処理じゃなくて自分で css ファイルを切り替えることになる

例）

const $$ = (s, r) => [...(r || document).querySelectorAll(s)]

function switchTheme(theme_name){
	const path = "/lib/highlight/styles/" + theme_name + ".css"
	
	$$(".hl-theme").forEach(e => e.disabled = true)
	const style_elem = $(`.hl-theme[data-theme="${theme_name}"]`)
	if(style_elem){
		style_elem.disabled = false
	}else{
		const elem = Object.assign(document.createElement("link"), {
			rel: "stylesheet",
			href: path,
			className: "hl-theme",
		})
		elem.dataset.theme = theme_name
		document.head.append(elem)
	}
}