Fastify の作りだとロガーはひとつです
fastify.log.info や request.log.info を使ってログするとすべて同じ場所への出力です
pino の設定で変えれはするものの レベルが◯◯以上はこのファイルにログする みたいな考え方なのでアクセスログとエラーログを分けるみたいな使い方ではなさそうです

いつもは アクセスログ / 操作系のログ / エラー・警告類 は別ファイルにしていましたが 1 ファイルに保存して 見るときにフィルタするほうがいいのでしょうか？
用途が違うものは分けたい派なのですけど
Fastify では decorate で標準のとは別に request.access_log みたいなものを作れますが pino との統合をやってくれないので推奨される方法ではない気がするのですよね