Fastify の CLI を使うと自分が書く部分はプラグインになります
プロセスのエントリポイント部分はライブラリ側で行われるのでウェブサーバーとしての処理しか書けないです

普段は Node.js のウェブサーバーをたてるときは ウェブサーバーとしての処理以外にもプロセス内でいろいろなことをしています
index.js ではそれらをセットアップして その中の一つとしてウェブサーバーもあるという感じです

ウェブサーバー以外のものは 例えば DB やログ等の定期的なクリア処理です
古いデータを消したりローテートしたりを 24 時間間隔などで行います
Node.js はタイマー処理がしやすいので cron 等に任せるより楽です

また ウェブサーバー以外で外部サービスからの通知類を受信したりすることもあります
Redis や PostgreSQL の通知の仕組みだったり 専用の TCP 通信だったりで外部と通信しています
受けたデータによってウェブサーバー側の処理を変更したりしますし DB からキャッシュを再取得するとかもあるので 同じプロセスの方が都合がいいです
別プロセスに分けると ウェブサーバーに API を設けて内部的にそこにアクセスして変更を伝えるようなことになり二度手間感があります

反対にウェブサーバーが受けたリクエストに応じて 通知を受信してる処理を変更するケースもあります
外部通信の ON/OFF の切り替えなどをするならやっぱり同じプロセスの方が扱いやすいです
分けることもあるのですが それでもウェブサーバー側が親で外部通信系が子となる関係で リクエストに応じて子プロセスを止めたり起動したりというのが多いです

systemd でそれぞれ別サービスにすることもできますが 分けすぎても扱いづらいのと ウェブサーバーのプロセスから外部通信プロセスを再起動したいみたいなときに systemd を通すと面倒なのですよね
以前は PM2 を通して systemd は PM2 を起動して ウェブサーバーは PM2 と通信して別プロセスを制御してましたが systemd だけで済ませられたほうが楽です
そうなると systemd がウェブサーバーを含むプロセスだけ起動して そこで全部をやるか一部をそのプロセスのサブプロセスにするかになります

他にも WebSocket サーバーも使うなら それらを統合する必要がありますし ロガーや DB のコネクションなどをウェブサーバーと WebSocket サーバーで共有するなら一括してそれらの外側で作って管理したいです

そんなわけで Fastify CLI って簡単なものでウェブサーバーだけならいいのですが 他にもやりたい場合に不便に感じます

でも PHP などはこういう状態になるわけですし 全部分けて別プロセスって割り切るほうが良いこともあるのでしょうか
Node.js はリクエスト間で変数の空間が分かれないので積極的にキャッシュしていけるのが魅力ですが プロセスが分かれるとキャッシュの更新ができずその利点が活かせなくなるのが困るところなんですよね