- vite-project/
    - package.json
    - index.html
    - src/
        - main.js
    - mylib/
        - index.js
    - ...

みたいな構造で package.json に

{
  "dependencies": {
    "mylib": "link:./mylib"
  }
}

のように書いて node_modules/mylib が mylib へリンクするようにします
これで

import mylib from "mylib/index.js"

みたいにインポートできるはずです

Node.js では問題なく動くのですが Vite では resolve エラーになりました
こんな感じのメッセージが出てきます

[vite]: Rollup failed to resolve import "mylib/index.js" from "main.js".
This is most likely unintended because it can break your application at runtime.

Vite ではサポートされないのかと思いましたが package.json を mylib フォルダの中に配置すれば動きました
name も type もなしで {} だけの空 JSON でも大丈夫です

node_modules フォルダの中にあっても package.json がなければ .bin や .cache みたいなパッケージ以外のフォルダと判定されてそうです