結論から言えばここに書いてある通りでした。
Unix 以外だと runtimepath を確認するように記述がありますが、Mac でも Linux でも ~/.vim 以下に ftplugin ディレクトリを作成すれば問題なさそうです。
例えば yaml のインデントをホワイトスペースx2にするには以下のファイルを置けばよいです。
$ vi ~/.vim/ftplugin/yaml.vim setlocal tabstop=2 setlocal softtabstop=2 setlocal shiftwidth=2