MultiQCはkraken1と2のレポート出力の分析にも対応している。使用するには--reportをつけてkrakenを実行し、レポートファイルを作成しておく。
対応しているツール一覧
kraken1とkraken2への対応
https://multiqc.info/modules/kraken/
1、kraken2（Github）の実行
$fastq1=SRRxxxxxxxx_1.fastq.gz
$fastq2=SRRxxxxxxxx_2.fastq.gz
$name=SRRxxxxxxxx
kraken2 --db kraken2-database --threads 20 --paired --report kraken2_report.txt --gzip-compressed --classified-out seqs#.fq $fastq1 $fastq2 > ${name}_output.txt
- --report Print a report with aggregrate counts/clade to file
- --gzip-compressed Input files are compressed with gzip
- --classified-out Print classified sequences to filename
出力されるreportファイル例
--classified-out seqs#.fqをつけておくと、分類されたfastqもseqs_1.fqとseqs_2.fqとして書き出される。
２、multiqcで分析する。
multiqc ./
インタラクティブなHTMLレポートとして出力される。
percentage表示でphylum。
引用
https://github.com/ewels/MultiQC
