マンタインはまだしも、マクノシタについてやる人がいるかはわかりませんが、成功したので記事に残しておきます。
使用ツール
CoTool v1.05
xdpokemon
2020/08/11現在ではツール側での対応がなく、成功させるためには工夫が必要です。
始めにマンタインから説明します。
前提条件として、連続戦闘乱数調整に関しての知識があることとします。
マンタインに対する乱数調整
マンタインはテッポウオを繰り出すトレーナーからの連続戦闘になります。
この時点で比較的簡単に瞬きを戦闘中に目視できるポケモンとして挙げられるのが
の2体です。他のポケモンでもいいかもしれませんが、基本的にはこの2体の内どちらかをお勧めします。
ダークポケモンはステータス画面では瞬きをしませんが、戦闘に出せば瞬きをします。この性質を利用することで、ダークポケモンでも瞬きを使って連続戦闘乱数調整を行うことが出来るようになります。
一番見やすいのがベイリーフ、次点でアリゲイツです。マグマラシに関しては、エーフィよりは見やすい程度で実質オクタンと言って過言ではないでしょう。
まず初めにオフセットを求めます。
CoTool v1.05を開きます。
ここでの連続戦闘の設定は既存の設定における「アブソル」を使用します。

既存の連続戦闘乱数調整同様、戦闘が終わる前にステータス画面を開き、エーフィの瞬きを用いて現在seedを確認します。
戦闘を終わらせた後この画面で1~2分待機し、戦闘時瞬きによるseed特定を行います。

現在のseedを特定することが出来たら、そのseedをコピーし、xdpokemonで個体の検索をします。
CoToolでの個体検索を掛けない理由として、戦闘時の強制消費数が関係しています。
アブソルのトレーナーは強制消費4が発生しますが、マンタインのトレーナーは強制消費が発生しません。(=強制消費0)
そのため、ツール上で個体検索をしても強制消費4を考慮した個体が引っ掛かってしまいます。
これを回避するためxdpokemonで狙うべき個体とその消費数を確認する必要があります。
また、CoToolを使用しない都合上、当然ですが戦闘中の消費が考慮されていない消費数が出てきます。
そのため、xdpokemonで出てきた消費数をCoToolの目標のseedへ入力すると、このような画面が出ることがあります。

これは目標の消費数が、現在seedからは狙うことのできない消費数であることを意味します。
瞬きの時間を変える(=ポケモンを変える)ことによってこのエラーを回避できることは把握していますが、瞬きの時間を変えると引ける現在seedも変わってしまう恐れがあります。要検証。
現時点では、狙う消費数そのものを変えて回避することをお勧めします。
2020/08/17追記---
記事を見直して認識を改めたのですが、どうやら検索開始時seedによっては奇数ズレに似たようなものが発生する可能性があるらしいです。
このズレは戦闘終了時の消費数によって決まるらしい。
正しい認識をしているかは怪しいですが、ズレなければ狙っている個体を狙えるはずです。実質厳選みたいな導入になっているので、一点狙いであれば運が絡むことになります、大変だ…
---
狙う個体、消費数を決めたらCoToolへ入力し、BlinkTimerを起動して終了時オフセットを求めます。
恐らく70~75の範囲の終了時オフセットが出るはずです。私は73が安定して出ました。
v1.05現在、ツール上では60より大きい終了時オフセットを入力することはできません。

この問題を解決するには、自分で終了時オフセット分早くタイマーを終了させる必要があります。
BlinkTimerでの終了時オフセットを60にし、求めたオフセット-60の値を2倍にします。
オフセット73を例に出すと、終了時オフセット60、(73-60)×2=26となります。
この26という数字を使い、オフセットを合わせます。
通常の連続戦闘乱数通りにタイマーと瞬きを合わせた後、求めた数字だけタイマーを早めます。
タイマー-49の時点で瞬きと一致しているのであれば、最終的に-75にします。
これでオフセット73を実現することが可能です。
ここまで来ればあとはアブソルやヘルガーといった、連続戦闘乱数と同じ手順で成功させることが出来ます。
マクノシタに対する乱数調整
マクノシタは最初に出会うダークポケモンであり、最初の連続戦闘になります。
この時点で比較的簡単に瞬きを戦闘中に目視できるポケモンとして挙げられるのが
エーフィ、ただ一匹です。
つまりエーフィの瞬きを戦闘中に目視する必要があります。
GCのコンポジット出力では恐らく目視することはできません。
Wiiのコンポジット出力であれば瞬きは見えませんが、「瞬きしていること」は見ることが出来ます。
参考程度に、Wiiのコンポジット出力による戦闘中のエーフィの画像です。
この"恐らく目であろう"程度の「黒い点」を見ることで瞬きを確認することが出来ます。
オフセットについては未検証。コントローラーからの入力を受け付けてから暗転するまで時間がマンタインと同じであるので、おそらくマンタインのものと同じオフセットを使うことが出来ると思います。
マクノシタは他のダークポケモンとは違い、展開と呼ばれるものが存在します。
端的に言えば1消費飛びで同じ個体になっているものが広い範囲で存在する、という状況となります。
A個体 0消費
B個体 1消費
A個体 2消費
B個体 3消費
A個体 4消費
…
これは生成順が1ではないため生じるものです。処理自体に関しては詳しくは知らないので、気になる人は有識者へ質問することをお勧めます。
CoTool v1.05を開きます。
ここでの連続戦闘の設定は既存の設定における「ヘルガー」または「トロピウス」を使用します。(同じ設定なのでどちらでも構いません)

同様に戦闘が終わる前にステータス画面を開き、エーフィの瞬きを使って現在seedを求め、戦闘を終わらせます。
賞金画面で1~2分待機したのちに、エーフィの戦闘時瞬きを使って現在seedを求めます。
求めたseedから個体検索をします。CoTool v1.05ではマクノシタの展開個体を検索することはできないので、xdpokemonを使って個体検索をします。
強制消費は4です。

この画面で自分が狙いたい個体を決めたら、展開させて全体の消費数を見ます。
ここでは500146消費すると現れる個体について展開しました。
展開すると、500146~500338までの消費数で狙った個体が出ることが分かります。
狙うべき消費数の幅がわかったら次はCoToolにて消費数の幅を入力しましょう。

ここで選択するべき消費数は、「前後の消費数が狙っている消費数+2nになるものが多く存在する消費数」です。
画像の例で言えば、消費数500148を狙うと、前後の消費数が狙っている消費数+2nになっていないので、狙うべきではありません。
一番許容範囲が広いものは500150~500202の範囲でした、したがってこの範囲のものを狙うと比較的成功しやすいはずです。
また、この範囲から外れてしまった消費数を引いたとしても、基本的には1/2の運ゲーとなるので、乱数調整としては成功する可能性があります。
狙っている個体に展開がない場合は許容範囲はなく、通常の連続戦闘乱数調整と同様に一点狙いになります。
マクノシタは展開がある以上、ズレを確認しづらいので特にこだわりがなければ展開が発生する個体を狙うことをお勧めします。
以上のことを抑えれば、通常の連続戦闘乱数調整と同等の操作をすることで成功させることが出来ます。