隠しファイル以外を選んで圧縮する

zip -r hoge.zip hoge

などとすると、hogeディレクトリ内の隠しファイルも圧縮されてしまう。
zipなどで隠しファイル以外を選んで圧縮したいときは

zip -r hoge.zip hoge/*

のようにワイルドカードで指定するとよい。