Edit / Project Settings / Editor に Prefab Editing Environments があり
ここにシーンを指定することで Prefab Mode で Prefab を開いた際のシーンを指定できる

Regular Environment

通常の Prefab を開いた際のシーン

例えばこのようなシーンを設定すると

ちゃんと指定したシーンで開かれる

また、シーンウィンドウのライトアイコンをクリックすることでライトの設定も反映できる

UI Environment

uGUI の Prefab を開いた際のシーン

Canvas Scaler の設定が異なったり、Canvas の Additional Shader Cannel が異なった場合に利用する

Scene の Root Object に Canvas があった場合はそれを親にして uGUI を編集できる

もし複数の Canvas があった場合は Hierarchy上で 上にある Canvas が親になる