2016/7/27 にこんなアップデートがあったようです。
Changelog - We've added the option to auto-cancel redundant builds. Read more, and how to enable it, here: https://t.co/MTjOV7ttkF
— CircleCI (@circleci) July 26, 2016
Project Settings → Advanced Settings に設定項目があります。
With the exception of your default branch, we will automatically cancel any queued or running builds on a branch when a newer build is triggered on that same branch. This feature will only apply to builds triggered by pushes to GitHub.
説明にあるとおり、あるブランチの最新のビルドがトリガーされたとき、そのトリガーされたもの以外の実行中ないしキューにあるビルドをキャンセルする機能です。ただし、デフォルトブランチ（＝開発ブランチ）ではこの自動キャンセルを行いません。
pull-requestの更新が多くてビルドキューが増えてしまうようであれば有効にしてみてはいかがでしょうか。というかデフォルト有効でもいいくらいですね。
