pythonで、「～~」や「～bak」等、バックアップファイルのようなものを探す

以下のような感じかと思います。

#!/usr/bin/python3
# -*- coding: utf-8 -*-
import getopt
import glob
import re
import sys

# 本番環境にある余計なbackup fileを探します

base_dirs = [
    "/path/to/base_dir",
    "/path/to/base_dir2",
]

reg_patterns = [
    "/.+~$",
    "/.+\.bak",
    "/.+\d\d\d\d\d\d$",
]

def main():
    regs = []
    for reg_pattern in reg_patterns:
        regs.append( re.compile(reg_pattern) )

    for base_dir in base_dirs:
        found_paths = glob.glob(base_dir+ '/**', recursive=True)

        for found_path in found_paths:
            for reg in regs:
                if reg.search( found_path ):
                    print( found_path )

if __name__ == '__main__':
    main()