CMenuの項目を消すにはRemoveMenu

ID指定の場合

CMenu	menu,*pPopup;
VERIFY( menu.LoadMenu( IDR_TASKTRAY_MENU ));
pPopup = menu.GetSubMenu( 0 );

pPopup->RemoveMenu(ID_MENU_ITEM1,MF_BYCOMMAND);

何番目か指定の場合

pPopup->RemoveMenu(3,MF_BYPOSITION);

ネタ元

• https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ybcty0yh(v=vs.120).aspx