Visual Studio から HoloLens emulator に Unity からエクスポートしたプロジェクト経由でデプロイしようとするとアプリがスプラッシュスクリーンが表示される前にクラッシュして死ぬという現象にあいました。
ちなみに Unity 2017.1.2f でやっています。
回避策
HoloLens Emulator の右側にある >> ボタンを押します。

Optional Settings の Use desktop accelerated graphics のチェックを外して Apply をします。そうするとエミュレータが再起動するので待ちます。
そうすると、Visual Studio からデプロイしてもアプリがクラッシュしなくなります。
この設定はエミュレータを再起動すると吹っ飛ぶみたいなので毎回しないといけないっぽい?というかこれは何処のバグなんだろうか。