概要

File.Move(sourceFileName, destFileName);
FileUtil.MoveFileOrDirectory( source, dest );

上記の関数でアセットのファイル名を変更したら
AssetDatabase.ImportAsset のタイミングで

Importer(TextScriptImporter) generated inconsistent result for asset(guid:XXXX) "YYYY"

上記の警告が出力された

AssetDatabase.RenameAsset( pathName, newName );

こちらの関数を使うようにしたら警告が出なくなった