概要

Prefab instance problem: XXXX (Missing Prefab with guid: YYYY)
UnityEngine.GUIUtility:ProcessEvent (int,intptr,bool&)

シーンを開いた時に上記のエラーが発生する現象に遭遇した

削除済みのプレハブから生成されたインスタンスが残っていたことが原因だった
このインスタンスを削除したらエラーは発生しなくなった