概要

GameObject (named 'XXXX') references runtime script in scene file. Fixing!

Console ウィンドウにこのような警告メッセージが表示される場合は

シーンに存在するゲームオブジェクトに
MonoBehaviour を継承していないクラスのスクリプトがアタッチされている可能性があるため

MonoBehaviour を継承するように修正するか、

もしくはそのスクリプトをゲームオブジェクトから Remove Component すれば
Console ウィンドウに警告メッセージが表示されなくなります