概要

Saving failed. Check the Console window to get more 
insight into what needs to be fixed.

プレハブを編集して保存する時に上記のエラーダイアログが表示されて

You are trying to replace or create a Prefab from the instance 'XXXX' 
that contains the script 'YYYY', which does not derive from MonoBehaviour. 
This is not allowed.
Please change the script to derive from MonoBehaviour or remove it 
from the GameObject.
UnityEditor.EditorApplication:Internal_CallGlobalEventHandler ()

Console ウィンドウにこのようなエラーメッセージが表示される場合は

プレハブに含まれているゲームオブジェクトに
MonoBehaviour を継承していないクラスのスクリプトがアタッチされている可能性があるため

MonoBehaviour を継承するように修正するか、

もしくはそのスクリプトをゲームオブジェクトから Remove Component すれば
プレハブを保存できるようになります